Смысловой разницы нет (=троюродный). Внучатный некоторыми словарями маркируется как устаревший вариант.
Нет, такое ударение не допускается в литературном языке.
Термин внучатые организации не употребляется. Выражение может быть использовано как авторское (окказиональное) в соответствующем (возможно, ироническом) контексте.