Произносится вЁшенка, но написать можно и с буквой Е.
Верно: вёшенки.
Название гриба вешенка является общепринятым, поэтому кавычками не выделяется. Слово вешенка должно согласовываться с определяемым словом гриб: грибом вешенкой, о грибе вешенке. Ср. дерево береза, на дереве березе.
Употребительно: компот из вишни. Здесь "вишня" в собирательном значении.
Читайте об этом в "Учебнике ГРАМОТЫ".
В слове яблоня перед ня стоит не согласная, а гласная, поэтому в род. п. мн. ч. его основа оканчивается на мягкую согласную.