Каротаж – франц. carottage, от carotte - буровой керн, буквально - морковь.
В словарях зафиксировано только прилагательное курсовой (с ударным последним слогом). Значит, в обоих примерах форма будет одинаковая: курсовАя терапия, курсовАя работа.
Постановка запятой возможна при подчеркивании обстоятельственного оттенка значения у определения.