Верно: деревьев, или кустарников, или цветов.
Пунктуация зависит от контекста. Подробно об этом написано в "Справочнике по пунктуации".
По смыслу варианты равны.
Запятая после соглашением нужна.
На наш взгляд, лучше: при заказе дверей для всей квартиры или на всю квартиру.
Корректная пунктуация: От домов во все стороны шли ряды деревьев, или кустарников, или цветов.
Запятые поставлены правильно, а вот не урегулированных следует писать раздельно.