Правильно: обучающегося в пятом классе (но ср.: учащегося пятого класса).
Корректны оба варианта. См. также: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=bolshinstvo
В данном контексте «не считая» является предлогом, который используется для исключения определенного периода времени из общего расчета.
В этом предложении нет необходимости ставить тире.