Если аббревиатура ЖЭС обозначает жилищно-эксплуатационную службу, то это слово женского рода: ЖЭС умыла руки. 

Аббревиатура VPN (Virtual Private Network) часто используется в русскоязычных текстах, включая СМИ, и запись ее кириллическими буквами как ВПН используется достаточно часто.  Ср. VIP (Very Important Person) и ВИП.

Вы правы, такое употребление некорректно. В приденных Вами предложениях определения относятся не к аббревиатуре ГМТ в целом, а лишь последней части термина. Корректно: Круг является геометрическим местом точек, расстояние от которых до данной точки не превосходит данное расстояние; Отметим, что геометрическое место точек, равноудалённых от сторон данного угла, состоит из...

Ответ на Ваш вопрос можно получить, если обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале; см. БАД — существительное женского рода. 

Вы написали правильно. ГБУЗ — аббревиатура, она пишется заглавными буквами; ее расшифровка государственное бюджетное учреждение здравоохранения не является индивидуальным названием, она указывает на тип организации и пишется строчными буквам. 

Аббревиатура ОРИ не зафиксирована ни словарем сокращений, ни орфографическим словарем. Закономерным и наиболее удобным для произношения представляется вариант [ори́]. Аббревиатуры, состоящие из сочетания гласная буква + согласная + гласная, обычно являются звуковыми, например: АГО [аго́] (автогражданская ответственность), АСУ [асу́] (автоматизированная система управления), ИТУ [иту́] (исправительно-трудовое учреждение), ОЗУ [озу́] (оперативное запоминающее устройство).

Вряд ли аббревиатуры из той же тематической группы ОРВИ и ОРЗ, которые произносятся как [оэрви́] и [оэрзэ́], могут повлиять на ОРИ и мотивировать произношение с начальным сочетанием [оэр]. После твердого согласного звук [и] не произносится, он меняется на [ы]. Но с конечным [ы] аббревиатура станет трудноузнаваемой. 

Правилен первый вариант. 

Аббревиатуры такого типа могут быть представлены в речи как существительное мужского рода (с учетом фонетических признаков) и как существительное женского рода (с учетом родовой принадлежности опорного слова). Родовое варьирование обычно свойственно неологизмам, но оно может оставаться характеристикой аббревиатуры и на протяжении длительного времени. Представляется, что автору в одном тексте лучше всего придерживаться одного варианта, но не исключаем и возможности варьирования, если к этому располагает прозрачный, обоснованный грамматический выбор.

Звуковые инициальные аббревиатуры типа СИЗОД могут употребляться как слова мужского или среднего рода, грамматическая норма фиксируется словарями. Для аббревиатуры СИЗОД пока словарных рекомендаций нет. В отсутствие таковых возможно ориентироваться на ГОСТ 12.4.034—2017 «Система стандартов безопасности труда. Средства индивидуальной защиты органов дыхания. Классификация и маркировка», в котором аббревиатура СИЗОД согласуется в форме среднего рода (по опорному слову средство). О склонении таких аббревиатур можно прочитать в «Письмовнике» (см. раздел «Когда нужно склонять аббревиатуры?»).

Воспользуйтесь, пожалуйста, «Письмовником» (см. раздел «Когда нужно склонять аббревиатуры?»).