Верно: дупло в дубе.
Правильно раздельное написание: дуб дубом.
Правильно: дубы.
Лучше всего написать: лес, в котором растут только каменные дубы (...растет только каменный дуб).
Пример заявления см. в «Письмовнике».
Корректно: Могучий Дуб, Сидящий на Реке. В именах все слова, кроме служебных, следует писать с прописной буквы, дефисы ставить не следует, ср.: Петушок со Шпорами (герой сказок), Людвиг ван Бетховен, Леонардо да Винчи.