Все варианты правильные. В современном литературном языке в количественном (партитивном) значении род. п. в письменной речи преобладает форма на -а (чашка чая). Но в разговорной речи часто употребляется флексия -у, особенно в глагольных конструкциях со значением неполного объекта (хочу чаю, добавить сахару и т. п.). Винительный падеж (хочу чай) также возможен, т. к. речь идет о конкретном объекте.
Верно: час че.
Все три варианта возможны.
Да, запятая нужна: во всяком случае – вводное сочетание.
Эти слова следует выделять запятыми как вводные, если они употреблены в значении "по крайней мере".
Запятая не нужна.