Лучше так: Они были неправы - вот в чем проблема. Это был мой брат - вот кто это сделал.

Если а то -- это союз (значения союза а то см. в окне «Искать на Грамоте»), запятая не требуется.

Предложение нужно разбить на два — повествовательное и вопросительное.

То, что есть, есть; того, чего нет, нет. Это не то?

Спросить можно так: Эта книга твоя? Это твоя книга?

Ответить можно так: Эта книга - моя. Это моя книга.

Верно: Доказывает ли это что-либо? Думаю, что нет, хотя, опять же, доказательство - это область рациональная...

Вторая запятая обязательна, тире ее не отменяет. А вот тире факультативно, его вполне можно убрать. Но можно и оставить как интонационный знак: И в то, что это было, верю я! И в то, что это было, – верю я!

На практике можно руководствоваться таким принципом. Частицы - служебные части речи; они не являются членами предложения, к ним не задаются вопросы от других членов предложения. С местоимениями все иначе: они выступают как полноправные члены предложения.

Наконец, в случае сомнений нужно заглянуть в словарь. Там обычно есть подсказки:

1. ЭТО. частица.
1.
Усиливает вопросительное местоимение или наречие, а также другие отдельные слова в предложении. Кто это пришёл? Куда это ты идёшь? Ведь это я тебе звонил.
2. (при сказуемом, выраженном сущ., инф. или предикат. нареч.).
Употр. как связка. Музыка - это блаженство. Руководить - это быть всегда впереди. Путешествие - это всегда интересно.

2. ЭТО. I.
1. местоим. сущ.
к Этот.
2.
Употр. как указательное слово на границе двух предложений, из которых второе является объяснением, истолкованием первого. Рентген был известный физик, это он открыл гамма-излучение. II. это, этого; ср.
1.
То, о чём говорится в предшествующем или последующем предложении. Экономический кризис - об этом пишут все газеты.
2.
Всё то, что было перечислено в предшествующей речи. Музыка, голоса - всё это сливается в общий шум. Пляж, море, танцы - это мне знакомо.

София и Софья – это варианты одного имени (как Наталия и Наталья). Имена Соня, Фуфа могут быть "домашними" вариантами разных имен, в том числе имени Софья.

В этом случае тире не требуется. Оно может быть уместно при противопоставлении и однотипном строении частей, сравним: Это — важно, а всё другое — второстепенно. 

Корректно (с пояснительной конструкцией): Это мой, фотографа, успех.