Все эти сочетания встречаются в речи лингвистов. Первое наиболее употребительное, соответствует строгой литературной норме, второе встречается реже, но неправильным его считать нельзя (напр.: Достаточно вспомнить, скажем, что для поэзии, особенно XX века, вопрос, писать с дефисом или слитно очередной поэтический неологизм, неизменно вызывал споры и разногласия [В. Елистратов. Тест и культура речи // «Наука и жизнь», 2009]). Последнее воспринимается как несколько сниженное, разговорное.
Достаточно одного многоточия. После слов автора можно поставить запятую, так как прямая речь представляет собой одну фразу, разделенную паузой, действием говорящего: «Завтра в полдень у Новореченской вас будет ждать... — Егор на секунду умолк и поднял на меня глаза, — Филипп».
Во-первых, не нужно повторять нарицательное слово, достаточно одного. Во-вторых, сочетание нарицательного существительного с препозитивным прилагательным, если существительное сохраняет свое значение, может быть осмыслено пишущим:
а) как сочетание имени собственного, выраженного прилагательным, с нарицательным именем — тогда только определение пишется с прописной буквы, напр.: Скупой рыцарь, Снежная королева, Спящая красавица, Мертвая царевна, Шемаханская царица, Солунские братья, Белый генерал (о М. Д. Скобелеве), Великий комбинатор (об Остапе Бендере), Вечный жид, Маленький принц, Железный хромец (о Тамерлане — Тимуре ибн Тарагай Барласи), Зеленый рыцарь, Великий инквизитор, Орлеанская дева, Синяя птица, Железный дровосек;
б) как единое сложное имя — тогда все слова пишутся с прописной, напр.: Серый Волк (волк по прозвищу Серый Волк). Такое понимание встречается в основном в переводной литературе, напр.: Белый Кролик, Дикая Кошка, Скалистый Змей, Двуцветный Питон.
Прописная буква в нарицательном имени используется, если его значение в имени преобразуется, например: Прекрасная Дама, Орлеанская Дева, Синяя Птица — здесь и Дама, и Дева, и Птица становятся символами.
Правильно: что ни говори; двух-трехлетний (но: 2–3-летний), из-за генетики. Что касается последнего вопроса: вовсе не обязательно приводить всю фразу, предлога из-за вполне достаточно, чтобы однозначно сказать: никакого другого окончания, кроме окончания -и, у слова генетика в этом сочетании быть не может.
Достаточно одной запятой перед придаточной частью, начинающейся с союза что. Обособлять оборот с непервообразными предлогом нет необходимости. Подробнее об этом можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».
Слово смысл достаточно часто употребляется во множественном числе. Без контекста не вполне ясно, что имеется в виду в Вашем примере, но такая фраза возможна.
Знаки препинания стоят правильно.
Допустимы оба варианта. Написание со строчной буквы (без кавычек) преобладает. Исключение составляет сфера официальных документов, там достаточно распространено написание с заглавной буквы.
В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.
Полагаем, что достаточно хотя бы в одном из значений слова кусок смысловой связи (общего компонента смысла) с глаголом кусать, чтобы признать слова однокоренными и выделить корень -кус-.