Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз. 

Запятая перед тире необходима: она закрывает придаточную часть когда последний раз ездил на легковом автомобиле таким образом. Заметим, что между частями приведенной Вами бессоюзной конструкции, хотя допустимо и тире, более уместно двоеточие как знак, выражающий отношения причины, обоснования: Уже и не помню, когда последний раз ездил на легковом автомобиле таким образом: в основном езжу на маршрутке.

В этом предложении слово можно выполняет функцию вопросительной частицы, подчеркивающей просьбу позволить сделать что-либо. Без этой частицы предложение имеет то же значение (хотя и читается с другой интонацией), сравним: Мы здесь поживем?

Пунктуация верна. Если однородных членов предложения больше двух и союз и повторяется хотя бы дважды (а в приведенном случае оба этих условия соблюдены), запятая ставится между всеми однородными членами, в том числе перед первым и. См. параграф 26 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Правилами допускается постановка двоеточия перед перечислением при отсутствии обобщающего слова, см. примечание к параграфу 33 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Нельзя не заметить, однако, что такое употребление двоеточия ограничивается деловыми и научными текстами (как можно предположить, для облегчения чтения и для предупреждения о том, что далее следует список). Следовательно, оно стилистически уместно не в каждом случае.

Отметим также, что далеко не каждая пауза в тексте должна быть отмечена знаком препинания, поскольку ведущий принцип русской пунктуации — структурный. В соответствии с этим принципом, между глаголом сдавать и дополнениями русский язык, математику и биологию знаки препинания не требуются. 

Словосочетание корректно. Примем во внимание и стилистические особенности предложения из научного текста (как можно уверенно предполагать), который должен отличаться точностью и однозначностью. «Перекличка» смысловых компонентов, или так называемая лексическая сочетаемость, представляет собой важное свойство слов в речевых оборотах.

Это логико-понятийный в своей основе вопрос. Следующий вопрос стилистический — намеренно или ненамеренно автор выстраивает такие ряды. Вопросы следует обсуждать с автором.

Часть чтобы увидеть связана с предыдущей подчинительным союзом чтобы. Часть не едет ли карета Баратаева связана с предыдущей частью союзом-частицей ли и представляет собой изъяснительное придаточное.

Наречие на -о, образованное от слова с двумя н, также пишется с двумя н. Сопоставление с парой обиженный > (нареч.) обиженно совершенно правильно. От завышенный образуется наречие завышенно. В словарях фиксируются не все системно образуемые наречия на -о.

Фраза Услуги оплачивались завышенно построена неудачно, она лексически недостаточна. Наречие нужно заменить сочетанием слов, например одним из следующих: по завышенным тарифам / ценам / размерам платы.

Сочетание предлога несмотря на и местоимения это не является союзом. Вообще говоря, к союзам относится далеко не каждое слово или сочетание, выражающее логические отношения между частями текста или предложениями.