Корректное название школьной медали - "За особые успехи в учении".
Запятая после мотору не требуется.
Слово управление пишется с прописной буквы, если употребляется как первое слово в официальном названии, например: Управление делами Президента Российской Федерации, Управление международного сотрудничества Российской академии наук.
Ваш вариант пунктуации возможен.
На наш взгляд, вполне достаточно: за особые успехи в изучении биологии. Слова учебный предмет лишние.
Для постановки запятых нет оснований, верно: У моих учеников после занятий существенно повышается уровень знаний.
Возможный вариант: Насколько существенно изменение только двух параметров повлияет на коэффициент устойчивости?
Корректно: Школьники занимаются по особой, углубленной программе.
После ВОЗ запятая не требуется.