В таких случаях можно писать строчными (если не требуется передать на письме официальное наименование).

Однозначно можно сказать, что раздельное написание неправильно. Написание сложных существительных с не употребляющейся самостоятельно первой частью на согласную определяется по орфографическому словарю. В отсутствие словарной фиксации можно ориентироваться на практику письма, в которой пока преобладает дефисное написание, а можно на тенденцию к соединению в русском языке частей слова, лишенных собственного значения, без дефиса. Рекомендуем второй вариант.

В полном официальном названии первое слово нужно написать с прописной буквы: Институт медиа, архитектуры и дизайна «Стрелка», Научно-технологический университет «Сириус». В сочетаниях второго типа первое слово воспринимается как родовое, а не как часть названия, поэтому корректно: институт «Стрелка», университет «Сириус».