Запятая не нужна.
Оба сочетания корректны.
Выбор варианта зависит от смысла. Если имеются в виду выпускники программы, то верен первый вариант. Если подготовка по программе, то второй.
Тире поставлено правильно.
Для постановки запятых нет оснований, пунктуация верна. Рекомендуем перестроить предложение так, чтобы в нем не встречались два однокоренных слова (подготовить и подготовка).
Возможно: началась подготовка к конференции.