Рекомендации Вы найдете в словаре "Русское словесное ударение" (рубрика "Искать на Грамоте" на нашем портале).
По общему правилу в названии этого музея с большой буквы пишется первое слово и входящее в состав названия имя собственное: Палаты бояр Романовых.
Матаней называют частушку из двух стихов.
Указанные в скобках запятые не нужны.