Верно: По словам главнокомандующего Воздушно-космическими силами РФ.
1. Необходим именительный падеж. Правильно: Разум vs провокация; Путин vs Медведев.
2. Сокращенное название – Минэнерго России.
Если так передается официальное название министерства, то правильно написание с прописной буквы; если нет, то нужно писать со строчной.
Само понятие "действующие правила русского языка" некорректно, таких правил просто нет в природе. Есть свод правил русского правописания, есть нормативные (академические) словари и грамматики.
Обособление возможно. Подробнее о пунктуации при оборотах с производными предлогами см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в предложении допущена ошибка в сочетании министерством проводит.