Правильно: и. о. главного инженера.
Вот что говорится об этом в справочнике Д. Э. Розенталя.
Одно тире опускается, если приложение относится к одному из однородных членов предложения: Я начал говорить об условиях, о неравенстве, о людях — жертвах жизни и о людях — владыках её (М. Г.).
Однако, если возможно двоякое толкование фразы, ставится и второе тире: Над проектом работали конструктор, инженер — специалист по связи — и радист (при отсутствии второго тире получится, что инженер был одновременно и радистом).
Корректно: Работник принимается в структурное подразделение "служба главного инженера" на должность инженера.
Постановка тире не требуется, однако можно поставить интонационное тире.
Запятая не ставится: наименование должности и наименование ученой степени – неоднородные приложения.