Корректно: она вместе с ним должна.
Правильная пунктуация: Главное, не завестись на передаче, иначе может включиться вариатор и мотоцикл уедет один. Вводное слово главное отделяется запятой. Запятая перед и не ставится, т. к. части сложного предложения объединены словом иначе.
Запятая нужна вместо тире перед союзом иначе: Лучше бы этот трамвай шёл в правильном, стоящем направлении, иначе мы выдернем водителя из-за руля и поговорим с ним по-хорошему.