Слова таким образом обособляются как вводные в значении 'итак', 'следовательно' и не обособляются в значении 'таким способом'. Пунктуация зависит от смысла предложения.
Выбор частицы зависит от смысла и строят предложения. Например, верно: Каким бы ни было утро, кофе всегда настроит меня на рабочий лад.
Синтаксическая роль этого слова зависит от строя предложения.