Верно: далее - филиал.
Верен первый вариант, см. «Письмовник».
Правильно: Санкт-петербургский филиал (в начале предложения), санкт-петербургский филиал (в середине предложения).
По правилам верно: филиал в г. Южно-Сахалинске. Подробнее см. в "Письмовнике".
Верно: сотрудник базы-филиала (находится на рабочем месте).