Обе запятые нужны.
Сегодня такое явление, как бескорыстная доброта, всё реже и реже встречается в окружающем нас мире.
Правильнее назвать такие слова грамматическими омонимами. Но омофоны - тоже верное название.
Слитное написание возможно.
Мы думаем, что, когда с нами что-то случается, это уникальное явление.
Предпочтительно: ...называется диффузией.
Запятая перед тире нужна.
Эти слова не однокоренные, но родственные: деревянный - исконно русское слово; древесный - славянизм (слово из церковнославянского языка).