Правильно: уверенность в чем, неправильно: уверенность во что. Верный вариант: С уверенностью в долгосрочном и продуктивном сотрудничестве.
А зачем кавычки? Это ирония?
Да, поставленные Вами кавычки нужны. Другой вопрос, что двойное употребление слова "компания" здесь избыточно.
Слово действительно обособляется, когда выступает в роли вводного и подтверждает чью-либо мысль, выражает уверенность в чем-либо.