Запятая не нужна. Между однородными придаточными, соединенными соединительными или разделительными союзами, запятая не ставится. А перед придаточным (после тогда) запятая ставится.

Верно: Уже тогда я понимал, что стандартным, привычным для всех путем ничего не добиться.

Правильно: Тогда со словами "Я скоро вернусь" он вышел из комнаты.

Слово "тогда" - общее для частей сложносочиненного предложения, постановка запятой не требуется.

Пауза не является достаточной причиной для постановки запятой. В этом случае можно поставить многоточие: Тогда... можно я спрошу у вас кое-что?

Слово неслыханный пишется слитно: ...за почти неслыханным тогда словом «эстет».

Насколько можно судить вне контекста, слово тогда является общим элементом для двух частей сложносочиненного предложения, поэтому запятая между ними не требуется.

Если бы в предложении отсутствовало слово тогда, наречие осенью можно было бы считать общим второстепенным членом: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву и жизнь в усадебном доме замерла. Но наличие слова тогда этому препятствует. Запятую нужно поставить: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву, и тогда жизнь в усадебном доме замерла.

Анаграмма –  слово или словосочетание, образованное перестановкой букв, составляющих другое слово, например: апельсин – спаниель.

Лучше так: Если мы пребываем в любви (а Бог есть любовь), тогда Бог пребывает в нас.