Верно такое оформление: муниципальное образование «Город Балаково», депутаты Совета муниципального образования «Город Балаково».
Согласование по слову учреждение: Учреждение дополнительного образования детей «Центр образования» провело... Ср.: кинотеатр «Победа» открылся (не открылась).
Если слово управление имеет значение 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.', то оно требует формы родительного падежа: управление образования. В других случаях корректно: управление финансами, управление автомобилем.
Корректно: ...по реализации образовательной программы, относящейся к подвиду дополнительного образования "дополнительное профессиональное образование".
Правильно: Управление образования (как название учреждения).
Это слово образовано приставочным способом.