Дефис не нужен.

С точки зрения грамматики все просто: вторая часть таких названий, представляющая собой склоняемое нарицательное существительное, должна склоняться. Это привычно для слуха.

А вот написание с пробелом действительно воспринимается плохо на фоне привычных аббревиатур и составных слов с первой неизменяемой частью - приложением. И если "АКБ Банк" можно превратить в банк "АКБ", то с названием "Газпром нефть" такая трансформация не получается (и хочется ожидать слитного написания).

Словари фиксируют слово "семечка" как разговорное. Но, конечно, "урожай семечки" - это за гранью.

Более привычно слитное написание.

Современная практика письма показывает, что слова железнодорожники, армейцы, переносное значение которых уже стало привычным, пишутся чаще без кавычек, т. к. из контекста (а это, как правило, статьи на спортивную тематику) обычно понятно, что имеется в виду. Поэтому можно рекомендовать написание без кавычек, если у читателя текста не возникнет сомнений, что имеются в виду именно игроки «Локомотива» и ЦСКА. В противном случае (если эти слова употребляются не в тексте статьи на спортивную тематику, т. е. среди потенциальных читателей могут быть люди, не интересующиеся спортом) предпочтительно писать в кавычках.

Что касается таких слов, как аристократы, канониры, горожане и пр., переносное значение которых не столь привычно и не сразу может быть понятно даже читателям, интересующимся спортом, то их лучше писать в кавычках.

Грибные заболевания -- термин с определенным значением. Если специалисты в области садоводства утверждают, что употребление этого термина в тексте оправданно, следует употреблять именно этот термин.