Правильно с прописной, кроме последнего примера.
Беспредложный вариант (орган сертификации) лучше.
СО РАН (отделение) обязано.
Правильно: шаровой кран.
В этом слове корень -гранич-.
Как термин - вероятно, корректно.
Перед приложением может стоять тире (соисполнитель — федеральный орган исполнительной власти) или запятая в зависимости от строя предложения.