Правильно: Сначала я не поняла, при чём тут Нижний Новгород. Обособляется придаточное предложение.
Разные справочники дают разные рекомендации (подробнее см. в "Письмовнике"). На практике названия городов из двух слов, если они следуют после родового слова город, чаще не склоняют.
Правило таково: слова, обозначающие участки течения рек, пишутся со строчной буквы, если не входят в состав названий, напр.: верхняя Припять, нижняя Березина, но: Верхняя Тура, Нижняя Тунгуска (названия рек). Поэтому корректно: нижний Енисей, средний Енисей, верхний Енисей.
По аналогии со словами нижнерейнский (от Нижний Рейн), нижневолжский (от Нижняя Волга) рекомендуем слитное написание: нижнекуранахская, нижнебестяхский.