Верно такое оформление: муниципальное образование «Город Балаково», депутаты Совета муниципального образования «Город Балаково».
Грамматически верно: аттестат выдан муниципальным общеобразовательным учреждением средней общеобразовательной школой № 1. Или так (как принято в канцелярской речи): аттестат выдан муниципальным общеобразовательным учреждением "Средняя общеобразовательная школа № 1".
Пишется со строчной: муниципальное учреждение.
Верно: Руководителям муниципальных органов управления образованием.