Наталья - изначально разговорная (русская) форма, Наталия – церковная. Сейчас Наталья и Наталия считаются вариантами одного и того же имени. Однако в документах одного человека написание должно быть единообразным (либо только Наталия, либо только Наталья).
Правильно: оба. Корректно также: Наталья и Александр, проживающие по адресу...
Запятые нужны: С уважением, Петрова Наталья Степановна, пенсионерка. Традиционно ставится запятая после слов с уважением (этим объясняется первый знак). Обособляется приложение, относящееся к имени собственному, если оно стоит после определяемого существительного (этим объясняется второй знак).