Верно: в г. Уфе. Подробно об этом см. в "Письмовнике".
София и Софья – это варианты одного имени (как Наталия и Наталья). Имена Соня, Фуфа могут быть "домашними" вариантами разных имен, в том числе имени Софья.
Правильно: в Уфе и (в канцелярской речи): в городе Уфе, в г. Уфе.
Если имеется в виду название округа, то корректно с прописной и в кавычках: городской округ «Город Уфа».
Следует писать с большой буквы: Уфа и Республика Башкортостан.
Фамилии французского происхождения не склоняются.
Ошибки нет.